1993-94赛季,马刺队用肖恩·埃利奥特从底特律活塞队交易来了丹尼斯·罗德曼。罗德曼的到来使上个赛季进攻篮板排名联盟倒数第一的马刺队一跃而攀升到了第一。赛季的最后一天,大卫·罗宾逊在对阵洛杉矶湖人的比赛中砍下70分,从沙奎尔·奥尼尔手中抢过了得分王的头衔,这也使得他成为了NBA历史上第四名在单场比赛中得分超过70分的球员。马刺队以55胜17负的成绩排名中西部分区第二。但是在同犹他爵士队的季后赛中首轮比赛被横扫出局。赛季结束后,约翰·卢卡斯离开圣安东尼奥,前往费城76人队担任总经理兼主教练。马刺队新老板皮特·霍尔特邀请时任勇士队助教的波波维奇重返马刺,担任球队总经理。波波维奇积极运作希望聘请老尼尔森来马刺执教,但勇士队老板拒绝放人,波波维奇只得选择鲍勃·希尔做了他任下的第一任主帅。[3]
1994-95赛季,马刺队打出了62胜20负的战绩,排名NBA第一,刷新了球队的历史最佳战绩。这个赛季的开局并不理想,在罗德曼禁赛的情况下,马刺取得了7胜9负的成绩。但马刺队在其后的比赛中打出了55胜11负,其中包括了2次15连胜。他们在常规赛的最后23场比赛中取得了21胜2负。多名球员表现优异。大卫·罗宾逊场均27.6分、10.8个篮板、3.2个盖帽,荣膺常规赛MVP并入选最佳防守阵容一阵。马刺用选秀得到的比尔·柯利与底特律活塞队交易换回了旧将肖恩·埃利奥特,他场均得到18.1分。尽管罗德曼错过了33场比赛,他还是连续第四年拿下篮板王(16.8个)并且入选最佳阵容第三阵以及最佳防守阵容一阵。季后赛中,马刺队在首轮横扫了丹佛掘金队,第二轮4比2击败洛杉矶湖人队,然后在与休斯敦火箭队进行了6场西部决赛后败下阵来。休赛期马刺队用丹尼斯·罗德曼从芝加哥公牛队交换来了中锋威尔·普度。
“大基本功”蒂姆·邓肯
1995-96赛季,马刺以59胜23负的成绩连续第二年拿下了中西部分区第一。3月份,球队取得16战全胜的完美战绩,追平了1971-72年洛杉矶湖人队创造的NBA历史最佳月度战绩。季后赛第二轮,马刺队在和犹他爵士队大战六场后被淘汰。
1996-97赛季,马刺队中伤兵满营,上一赛季球队得分前6的球员中有4名因伤错过大半比赛,大卫·罗宾逊整个赛季仅仅出场6次。球队创造了NBA历史上赛季胜场减少最多的纪录,从59胜降到了仅仅20胜,自大卫·罗宾逊加盟以来首次缺席季后赛。主教练鲍勃·希尔在3胜15负的开局后被辞退,而接替他的原总经理格雷格·波波维奇在担任NBA主教练的第一个赛季中仅仅取得了17胜47负的成绩。1997年5月18日马刺再次获得了NBA选秀的状元签,球队选择了来自维克森林大学的具有统治力的明星球员蒂姆·邓肯。
1997-2003:双塔时期
1997-98赛季,在大卫·罗宾逊伤愈复出,以及蒂姆·邓肯加入之后,马刺队又再次完成了NBA历史上单个赛季上最大的胜场进步,球队赢下了56场比赛并打入了季后赛第二轮。邓肯毫无悬念地获得年度最佳新秀奖。在同犹他爵士队的西部半决赛第二场中,邓肯扭伤了脚踝,爵士队经过加时以109比106获胜。马刺队最终以1比4输掉了系列赛。
1998-1999赛季 马刺第一冠
1998-99赛季,NBA因为劳资纠纷一度停摆,常规赛也因此从82场缩水到50场。马刺仅取得6胜8负的开局,主教练波波维奇因此饱受批评,但是球队领袖邓肯和罗宾逊都对他表示了坚定的支持,球队随后以31胜5负的战绩收尾。马刺在季后赛首轮3比1战胜森林狼,次轮4比0横扫湖人,西部决赛横扫开拓者,最终杀入总决赛,并以4比1战胜了纽约尼克斯队,这是马刺队历史上首次获得NBA总冠军,邓肯以27.4分、14个篮板和2.2次盖帽当选为总决赛MVP。选秀大会中,马刺队在次轮第57顺位选中来自阿根廷的马努·吉诺比利。之后吉诺比利继续留在意大利打球,到2002年才正式登陆NBA。[4]
1999-00赛季,马刺取得了53胜29负的战绩,但是由于球队领袖邓肯半月板撕裂无缘季后赛,马刺在季后赛第一轮以1比3不敌太阳,遭到淘汰。
2000-01赛季,马刺取得了58胜24负的佳绩。季后赛第一轮3比1淘汰森林狼,西部半决赛4比1淘汰小牛。西部决赛中,马刺被当时如日中天的湖人队横扫。选秀大会中,马刺以首轮第28顺位选中19岁的法国控卫托尼·帕克。[5]
2001-02赛季,马刺再次取得58胜24负的战绩,邓肯获得常规赛MVP。西部半决赛马刺以1比4不敌湖人队。
2002-2003赛季 马刺第二冠